“黑船”风暴的余威，如同退潮后裸露出的嶙峋礁石，冰冷而尖锐地横亘在两个大明帝国的海岸线前。军事上的惨痛损失迫使朝廷做出紧急应对，但更深层的冲击，却是在认知、制度和人心层面悄然蔓延。锚点们，这些被卷入风暴中心的个体，在巨大的压力和残酷的现实面前，正经历着新一轮、更加深刻的蜕变，甚至裂变。
朱元璋的震怒并未随着援兵的南下而平息。他坐镇深宫，一道道严厉的旨意发往东南，要求靖海侯吴祯“戴罪图功”，务必尽快寻机与“黑船”主力决战，洗刷耻辱。然而，经历过定海、蚶江惨败的吴祯，此刻却异常谨慎，甚至可以说是畏缩。
他麾下的水师主力虽经补充，但士气低落，新调来的北兵又不习水战，更不熟悉那神出鬼没的“黑船”战术。他不敢再贸然集结大军出海寻敌，生怕重蹈覆辙。于是，他采取了更加保守的策略：将水师主力收缩至几处核心港口和重要水道，依托岸防火炮进行防御，同时派出大量小船哨探，试图摸清“黑船”的活动规律。
这种近乎“龟缩”的防御态势，虽然暂时稳住了战线，避免了更大的损失，却无异于将大片近海和许多岛屿的制海权拱手让给了敌人。沿海商贸近乎断绝，渔民不敢出海，地方官员怨声载道，指责吴祯“畏敌如虎”、“坐视生民涂炭”。朝中，要求临阵换将的声音也开始出现。
朱元璋并非不知吴祯的困境，但他更无法容忍这种“无所作为”的姿态。在接连几封措辞愈发严厉的申饬之后，一道新的旨意抵达前线：擢升兵部职方清吏司郎中方孝孺为“东南经略安抚副使”，即刻赶赴前线，“赞画军务，协理防剿，并安抚地方”。
这道旨意，耐人寻味。方孝孺并非宿将，而是文臣，以精通典章制度、强调礼法秩序着称，此前是设立“海防总制”构想的积极倡导者。派这样一个人去前线“赞画军务”，与其说是去打仗，不如说是去监督、去整肃，甚至可能是去牵制吴祯。更重要的是，“安抚地方”的职责，暗示着朝廷开始正视吴祯龟缩防御带来的地方动荡与民生凋敝问题，试图通过文治手段进行弥补。
方孝孺的南下，标志着洪武朝应对“黑船”危机的策略，开始从单纯的军事高压，向 “军政结合、侧重恢复秩序” 的方向微妙转变。这背后，是太子朱标理念的进一步体现，也是朱元璋在军事受挫后，一种务实的妥协。
然而，这种妥协的代价，首先落在了沈敬和他的海事观测所头上。
观测所之前因沈敬的预警而获得了一定程度的重视，但随着方孝孺南下，朝廷对东南事务的管控进一步加强，观测所那套“秘密研究”、“灰色情报”的运作方式，开始显得格格不入，甚至有些“刺眼”。方孝孺本人对“奇技淫巧”本就持保留态度，对观测所这种游离于正规官僚体系之外、且情报来源可疑的机构，更是心存疑虑。
很快，观测所收到了来自“东南经略安抚副使行辕”的正式公文，要求观测所 “将一应研究所得、情报来源、人员构成、经费开支，造册呈报，以备核查”。公文措辞客气，但其中的审查和收编意图昭然若揭。
沈敬陷入了两难。交出所有，意味着观测所的秘密情报线（尤其是那些黑暗手段）将彻底暴露，不仅线人性命难保，观测所自身也可能因“违规”、“僭越”而被取缔或彻底收编，失去独立性和快速反应能力。不交，则是对抗朝廷新任的钦差大臣，后果不堪设想。
压力之下，沈敬那因“污染”而滋生的、对于“直接有效手段”的倾向，与他在体制夹缝中求生练就的“边缘智慧”，发生了激烈的化学反应。他没有选择硬抗，也没有完全屈服。
他组织人手，精心准备了一份 “观测所公开研究摘要及经费说明” ，将观测所对夷船、火器的部分常规研究成果，以及通过官方渠道获取的情报分析，做了详尽的、合乎规范的整理和汇报，态度极其恭顺。同时，他利用观测所残存的秘密资源和渠道，将那条黑暗情报线的核心人员、关键档案、以及正在进行的、关于“黑船”和“南方阴影”的最敏感调查，紧急转移、分散隐藏，甚至不惜销毁部分无法转移的原始记录。
然后，他主动求见方孝孺，当面呈上那份公开报告，并言辞恳切地表示，观测所愿在方大人的领导下，为朝廷靖海大业竭尽全力，并“虚心接受朝廷核查与指导”。他的姿态放得很低，但话语中却隐隐透露出观测所在解读海图、分析敌情方面的“独特价值”，暗示着完全收编或取缔观测所，可能会损失一个宝贵的情报分析节点。
方孝孺是精明之人，他听出了沈敬的言外之意，也看到了那份详尽规范（却也经过精心筛选）的报告。他明白，在当下敌情不明、前线将领畏缩的困境中，一个能够提供专业分析、哪怕手段有些“不干净”的机构，或许有其存在的必要。他暂时没有进一步逼迫沈敬，只是要求观测所“今后一切事务，需及时报备行辕”，并派了两名文吏“协助”观测所处理日常文书工作，实为监视。